Approximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen Genomik

Abstract

Durch die zunehmende Verfügbarkeit von komplett sequenzierten und assemblierten Genomen eröffnet sich die Möglichkeit, Spezies anhand der Gesamtstruktur ihrer Genome zu vergleichen. Zu diesem Zweck werden Genome häufig nicht mehr auf Ebene der Nukleotidsequenz dargestellt sondern als eine Folge von Genen, die deren Anordnung auf den Chromosomen widerspiegelt. Eine wichtige Aufgabe in diesem Bereich ist die Bestimmung von chromosomalen Bereichen, die über verschiedene Spezies hinweg komplett oder näherungsweise konserviert sind. In diesem Artikel werden informatische Methoden zur Bestimmung dieser Bereiche vorgestellt und Anwendungen im Bereich der Genclustervorhersage und der Phylogenie-Rekonstruktion beschrieben.