Algorithmische Systembiologie mit Petrinetzen – Von qualitativen zu quantitativen Systemmodellen

Abstract

Die algorithmische Systembiologie ist ein aktuelles Teilgebiet der Bioinformatik. Petrinetze [28] werden seit Jahrzehnten für die Modellierung von Systemen und seit ca. 15 Jahren auch in der netzwerk-orientierten Bioinformatik [17, 27] verwendet. In der algorithmischen Systembiologie werden Petrinetze einerseits zur Repräsentation von biologischem Wissen in Form von qualitativen Netzwerkmodellen und andererseits für die Analyse ihrer dynamischen Eigenschaften und ihre quantitative Simulation eingesetzt. Die Auswahl relevanter Teilnetze aus großen qualitativen Netzen und ihre Umsetzung in quantitative Modelle erfordern neue methodische Ansätze.